Лаборатория функциональной геномики сердечно-сосудистых заболеваний

РУКОВОДИТЕЛЬ – Д.Б.Н., ПРОФЕССОР О.О. ФАВОРОВА

 

Лаборатория была создана в 2015 году.

 

Основные направления научных исследований:

В лаборатории совместно с ИКК РКНПК МЗ РФ и другими ведущими медицинскими учреждениями России проводятся исследования молекулярных основ генетической предрасположенности к полигенным сердечно-сосудистым заболеваниям (ССЗ): инфаркту миокарда (ИМ), инсульту, артериальной гипертензии; ведутся поиски генетических маркеров, определяющих клиническое течение и эффективность лекарственной терапии. Особое внимание уделяется выявлению композитных маркеров, включающих одновременное носительство полиморфных вариантов нескольких генов. Цикл работ 2008-2010 гг. по генетической предрасположенности к полигенным заболеваниям награжден премией Международной академической издательской компании «Наука». Научные исследования поддержаны и поддерживаются грантами РФФИ и Правительства г. Москвы.

 

Наиболее значимые результаты исследований последних лет:

 

Коллектив достаточно давно начал заниматься изучением генетической предрасположенности к ССЗ. Разработан алгоритм APSampler, позволяющий  выявлять как отдельные аллели, так и минимальные полные сочетания аллелей, ассоциированные с развитием полигенных заболеваний.

Анализ генетической предрасположенности к ИМ для 19 полиморфных участков генов различных систем выявил ассоциацию участков 1444C>T гена CRP, −249C>T гена FGB и трех участков гена TGFB1 (−509C>T, 869T>C и 915G>C), не находящихся в неравновесном сцеплении, с развитием ИМ.

Для ИМ нами обнаружено также пять сочетаний, содержащих аалели/генотипы генов TGFB1,CRPFGBIFNG и PTGS1, которые можно использовать как адекватные композитные маркеры риска развития заболевания.

Оценка взаимодействия между генами в составе сочетаний достаточно трудна по причине отсутствие соответствующих общепринятых аналитических инструментов. Нами разработана методология, позволяющая анализировать характер кумулятивного эффекта генов в составе сочетаний. Нами впервые показано как аддитивное влияние генов на формирование предрасположенности (в сочетаниях TGFB1*869C + CRP*1444C и TGFB1*869T + FGB*−249T), так и положительное эпистатическое взаимодействие компонентов композитного маркера (IFNG*874A + PTGS1*50T).

Определение маркеров генетической предрасположенности может расширить понимание патогенеза ИМ и послужить основой для поиска новых терапевтических мишеней для лечения ИМ. Найденные одиночные и композитные маркеры могут быть использованы при создании прогностического теста для определения индивидуального риска развития ИМ.

В дальнейшем планируется исследовать ассоциацию полиморфных локусов генов, кодирующих микроРНК, и  их экспрессию при различных ССЗ, в первую очередь при заболеваниях, обусловленных атеросклерозом.

В лаборатории работают два старших научных сотрудника; два научных сотрудника.

 

 

Основные публикации сотрудников лаборатории за 2013-2015 гг.

 

Авторы, название

Импакт фактор журнала

В отечественных журналах

 

1

Пархитько А.А., Фаворова О.О., Хенске Е.П. Аутофагия: механизмы регуляция и роль в онкогенезе. Биохимия 2013, 78, №4, 355-367.

1.058

2

Е.А. Соколова, Н.А. Малкова, ДС. Коробко, А.С. Рождественский, А.В. Какуля, Е.В. Ханох, Р.А. Делов, Ф.А. Платонов, T.Е. Попова, Е.Г. Арефьева, Н.Н. Загорская, В.М. Алифирова, М.А. Титова, И.В. Смагина, С.А. Ельчанинова, А.В. Поповцева, Ю.Н. Личенко, М.А. Дымова, А.С. Вайнер, О.В. Пьянкова, И.П. Оскорбин, А.А. Кечин, В.П. Пузырев, О.Г. Кулакова, Е.Ю. Царева, О.О. Фаворова, С.Г. Щур, Н.Ю. Лащ, Н.Ф. Попова, Е.В. Попова, Е.И. Гусев, А.Н. Бойко, Ю.С. Аульченко, М.Л. Филиппенко. Первые результаты объединенного общероссийского исследования по клинической генетике рассеянного склероза. Журнал неврологии и психиатрии им. С.С. Корсакова, 2013, Т2, 6-9.

0,749

3

О.Г. Кулакова, В.В. Башинская, Е.Ю. Царева, С.Г. Щур, М.В. Давыдовская, Н.В. Хачанова. О.О. Фаворова, А.Н. Бойко. Полиморфизм генов иммунного ответа и характеристики кинического течения рассеянного склероза. Практическая медицина 2013, №1-1 (68), 56-58.

-

4

О.Г. Кулакова, Е.Ю. Царева, А.Н. Бойко, С.Г. Щур, Н.Ю. Лащ, Н.Ю. Попова, Д.В. Львовс, А.В. Фаворов, О.О. Фаворова. Фармакогенетические исследования эффективности лечения рассеянного склероза иммуномодулирующими препаратами первой линии – интерфероном-бета и глатирамера ацетатом. Практическая медицина 2013, №1-1 (68), 187-189.

-

5

O.O. Фаворова, В.В. Башинская, О.Г. Кулакова, А.В. Фаворов, А.Н. Бойко. Полногеномный поиск ассоциаций как метод анализа генетической архитектуры полигенных заболеваний (на примере рассеянного склероза). Молекулярная биология 2014, том 48 № 4, с. 573–586

0.85

6

Б.В. Титов, Н.А. Матвеева, М.Ю. Мартынов, O.O. Фаворова.  Ишемический инсульт как комплексное полигенное заболевание. Молекулярная биология 2015, 49, №2, 1–25

0.85

В зарубежных журналах

 

7

Sokolova EA, Malkova NA, Korobko DS, Rozhdestvenskii AS, Kakulya AV, Khanokh EV, Delov RA, Platonov FA, Popova TY, Aref' eva EG, Zagorskaya NN, Alifirova VM, Titova MA, Smagina IV, El' chaninova SA, Popovtseva AV, Puzyrev VP, Kulakova OG, Tsareva EY, Favorova OO, Shchur SG, Lashch NY, Popova NF, Popova EV, Gusev EI, Boyko AN, Aulchenko YS, Filipenko ML. Association of SNPs of CD40 gene with multiple sclerosis in Russians. PLoS One 2013, 22, №8(4) e61032.

3.23

8

O. Kulakova, E. Tsareva, D. Lvovs, A. Favorov, K. Vandenbroeck, A. Boyko, O. Favorova. Pharmacogenomics of multiple sclerosis. FEBS Journal 2013. 280 (Suppl. 1), 343.

3.986

9

Kulakova OG, Tsareva EY, Lvovs D, Favorov AV, Boyko AN, Favorova OO. Comparative pharmacogenetics of multiple sclerosis: IFN-β versus glatiramer acetate.Pharmacogenomics.2014 15(5):679-85.

3.89

10

Bashinskaya VV, Kulakova OG, Kiselev IS, Baulina NM, Favorov AV, Boyko AN, Tsareva EYu, Favorova OO. GWAS-identified multiple sclerosis risk loci involved in immune response: validation in Russians.J. Neuroimmunol.2015. 282, 85-91

2.8

11

I. Kiselev, V. Bashinskaya, O. Kulakova, N. Baulina, E. Popova, A. Boyko, O. Favorova. Variants of microRNA genes: gender-specific associations with multiple sclerosis risk and severity. Int. J. Mol. Sci. 2015, 16, 20067-20081

2.34

12

Bashinskaya VV, Kulakova OG, Boyko AN, Favorov AV, Favorova OO. A review of genome-wide association studies for multiple sclerosis: classical and hypothesis-driven approaches.Hum Genet. 2015 Sep 25.

4.82

 

Статьи, принятые в печать или находящиеся на разных стадиях рецензирования

 

 

Авторы, название

Статус

Импакт фактор журнала

1

CM Lill, …AN Boyko,.EV Popova, OO Favorova, EYu Tsareva…(всего 53 автора). Genome-wide significant association with seven novel multiple sclerosis risk loci. Journal of Medical Genetics, 2015

Принято в печать. Получены гранки

6.3

2

Н.М. Баулина, О.Г. Кулакова, О.О. Фаворова. МикроРНК: роль в развитии аутоиммунного воспаления. ActaNaturae. 2016.

Получен положительный ответ рецензентов. Статья отправлена в редакцию после доработки

1.0

3

Barsova RM, Lvovs D, Titov BV, Matveeva NA, Shakhnovich RM, Sukhinina TS, Kukava NG, Ruda MY, Karamova IM, Nasibullin TR, Mustafina OE, Osmak GJ, Tsareva EYu, Kulakova OG, Favorov AV, Favorova OO. Variants of the Coagulation and Inflammation Genes Are Replicably Associated with Myocardial Infarction and Epistatically Interact in Russians. PLOSOne 2015

Принято в печать

3.23

4

E. Tsareva, O. Kulakova, A. Boyko, O. Favorova Pharmacogenetics of multiple sclerosis: personalized therapy with immunomodulatory drugs. Pharmacogenetics and Genomics.

На рецензировании

3.5